北宋以前，武当山道教无明显宗派区分。以其宗教行为而论 ，大体分为丹鼎派和符箓派。其明显的门派区分，应自南宋和金元对峙之时开始。分属全真 、正一两大道派的全真派、上清五龙派、正一派、清微派等，长期在武当山传道授徒。这些 道教派别虽然教义有别，但在尊崇真武这一点上是共同认可的，而且不同程度的融合是其主 流。
    
    全真派，亦称全真教、全真道。 与正一道同为元以后道教两大派。金大定七年(1167年)陕西咸阳人王喆，即王重阳创立。主 张三教合一。教旨以“澄心定意，抱元守一，存神固气”为“真功” ，“济贫拔苦，先人后己，与物无私”为“真行”；功行俱全，故名 全真。该派主要典籍有《道德清净经》、《船若心经》、《孝径》等。元至元十二年(1275年 )汪思真来武当山五龙观开山传宗，授徒百余人。正一派亦称正一道，是道教符箓各派 的总称。原为五斗米道，东汉末张陵所创，后尊张陵为天师，故亦称“天师道” 。唐宋以后，南北天师道与上清、灵宝等道派合流。元成宗大德八年(1304年)封张陵第三十 八代后裔张与材为“正一教主”，总领三山符箓，即龙虎山、阁皂山、茅山。此 后凡是道教的符箓各派统称正一道。主要奉持《正一经》画符念咒、驱鬼降妖、祈福禳灾等 。该派汉末后传入武当山，明代曾为武当山的主要道派。
    上清派，东晋时创立。起初流传于江南一 带。自陶弘景以后，该派主要在江苏茅山地区活动，故亦称“茅山宗”。上清派 以《黄庭经》为主要内修理论，称《大洞经》、《雌一五老宝经》和《太上素灵大有妙经》 为“道者三奇”，奉元始天王、太上大道君、太微天帝君、后圣金阙帝君、太上 老君等为最高神。北宋时，武当山就有上清玉仙观，但由于典籍湮没，北宋以前上清派在武 当山的传承情况，无可考。南宋绍兴十一年(1141年)茅山清真观道士孙寂然登武当山，兴复 五龙诸观庙宇，以上清五雷诸法传授弟子，擅长符箓驱邪，遂形成“五龙之派” ，该派以武当山五龙观为主要传授活动场所，所以也叫“上清五龙派。”
    清徽派，是宋元民间 影响较大的符箓派别，主要从上清派演化而来，自谓其符箓道法出于清微天元始天尊，故以 清徽为名。张宇初《道门十规》称：“清微自魏(华存)、祖(舒)二师而下，则有朱(洞 元)、李(少微)、南(毕道)、黄(舜申)诸师，传衍尤盛。凡符章经道斋法雷法之文，率多黄( 舜申)所衍”。宋元时期流行于南方。该派主要经籍有《清微丹诀》、《清微斋法》、 《清微仙谱》等，另有《道法会元》268卷，述及该派宗旨、道法、斋仪、戒律等，多出自黄 舜申之手。可见，黄舜申为清微派之中坚及集大成者。黄舜申之后又分南支，熊道辉为首； 北支以张道贵为首，并以武当山为传播中心，授徒数百人。张道贵原师承汪贞常，为全真派 道士，后与叶云莱、刘道明同师黄舜申，学成后返武当山授徒，并将清微之法传于张守清。 张守清本亦全真道士，师武当鲁大宥。因此张道贵、张守清一系的北支当为全真与清徽的融 合，名为“武当清微派”。张守清在二十余年中授徒四千人。元代中期以后，天 一真庆宫、紫宵宫、太和宫等宫道士，多为张守清弟子。
    三丰派，明洪武初，著名道士张三 丰来到武当山，择地建庵，传授弟子，并创三丰派。该派主张三教合一，修己利人，崇奉真武神。其传承系谱为：张三丰传卢秋云、刘古泉、杨善澄、周真德、李性之、丘玄清；李性之又传紫道人又传舒复初；丘玄清又传燕善名、蒲善渊、马善宁；蒲善渊又传易本中。
    《诸真宗派总簿》所载张三丰创立的宗派有八支：一是自然派，其流传宗谱为：“玄云通曲静，清虚色自轻，月圆皈命礼，抱意管丹诚。元玄明至本，大详理幽微，参透无中有， 方可达希夷。”二是三丰祖师自然派，其流传宗谱为：“惟道然之宗，若守可以隆，功德归盛泰，万世礼仙真。本静从玄教，福寿永长兴，合清仁志点，秉义复元登” 。三是三丰派，其流传宗谱为：“道德机宏容，真正守长清，万强工夫首，宗来教方春 。星月皎天汉，守静默行功，一德无量念，玄理至仁忠。”四亦三丰派，其流传宗谱为 ：“玄云通道居端静，白鹤乘虚向目清，师资月圆皈志礼，身中抱一管丹诚。太上渊微 入妙元，凌元星朗贮壶天，功侯到日方许就，始悟真言信可传。”五亦三丰派，其流传 宗谱为：“大道英勇德，真正守常存，万疆共福寿，宗脉教芳春”。六是三丰祖 师日新派，其流传宗谱为：“大道应永得，守教志常真。一阳来复本，同静德玄风 ”。七是日新派，其流传宗谱为：“冲和天根定，涵养易书深，宝元得正体，归 吉万年身。”八是三丰祖师蓬莱派，其流传宗谱为：“园通智敏用，是清修觅真 ，丹体蓬莱会，保定炼成金”。
    全真龙门派，王重阳弟子丘处机创立，传入时间不详。明代武当山已有该派传承。康熙二年(1669年)全真龙门派“ 中兴之祖”王常月率徒从北京南下传道，曾在武当山玉虚宫立坛授戒，此后本山各大宫 观皆有该派道士，并成为武当道教的主体。其流传宗谱为：“道德通玄静，真常守太清 ，一阳来复本，合教永圆明。至理宗诚信，崇高嗣法兴，世景荣惟懋，希微衍自宁。住修正仁义，超生云会登，大妙中黄贵，圣体全用功。虚空乾坤秀，金木姓相逢，山海龙虎交，莲 开现宝新。行满丹书诏，月盈祥光生，万古续仙号，三界都是亲。”清初，武当山道 教的道派力量有所变化，全真派取代正一派而占居全山主要地位。康熙二年后全真龙门派道士遍布武当山各大宫观，一直延续至今。
    武当玄武派，永乐十一年(1413年)，朝廷在武当山大修宫观，传天师法箓的正一派道士张宇 清等奉令到淅江、江西、湖广、山西、河南、陕西等省和应天府，挑选道士四百余人来武当 山办道，从中选拔二十余人担任各宫观提点、住持，他们多是正一道所属的上清、清微等派 。这些道派都以真武为最高偶像，引张三丰为“我祖”，擅长符箓斋醮，统被称 为“真武玄武派”。但各道派仍分别收徒，保持它们各自的传承关系。1989年， 武当山道教协会以形成于明代的“真武玄武派”名称意义重复，会同公议，改称 为“武当玄武派”，并在太和、紫霄二宫举行了传派仪式。
    该派有众 多经籍，以《真武经》为主要经典，奉真武为“玄天上帝”。主张三教合一，尊 真武为“三教祖师”，重修内丹，信行多术，称真武为“万法教主” 。其宗谱为：“宣渊一道志，求得振常存。照应通玄理，微希太景成。武当兴法派，惟仙尊之宗。大岳气自然，五龙呈祥烟。玉虚宏图展，三丰丹技传。南岩捧圣真，紫霄永吉昌 。”
    榔梅派，为武当山本山派 。明永乐十年(1412年)敕孙碧云武当山南岩宫住持，遂开创此派。其门下弟子称他为“ 碧云祖师”。明代承流此派者颇众。其流传宗谱为：“碧山传日月，守道众自然 ，性理通玄德，清微古太元，真静长悠久，宗教福寿长，庆云冲霄汉，永达大吉昌。 ”
    此外，武当山历代还有郝祖岔派、老华山派以及静一派、三茅派 、大茅派、吕祖蓬莱派、遇山派、华山派、神霄派等道教宗派活动。